La historia de Colaboración Salud Internacional comienza en 1968, gracias al Padre Célestin Marcotte, o.f.m.cap. quien deseaba facilitar el suministro de recursos médicos a los misioneros de su propia Orden. Funda entonces la sección Québec de la Asistencia Médica Internacional, más conocida bajo la sigla AMI. Dicho organismo se encarga de despachar medicamentos y suministros médicos a países en vías de desarrollo.

En 1975, la sección Québec de la AMI se transforma en Colaboración Salud Internacional y desarrolla, al correr de los años, un peritaje apreciable para la recuperación de suministros médicos, para la revisión de bienes recibidos y el envío de contenedores al extranjero.

En 1998, se reconsidera y modifica la misión de CSI. Se le agrega entonces una ayuda a la educación y un financiamiento posible para proyectos de ayuda humanitaria.